แทนที่จะเป็นอุบัติการณ์ (จำนวนการวินิจฉัยใหม่ในปีที่กำหนด) ใช้เพื่ออธิบายผลกระทบของโรคหายาก โครงการGlobal Genesประมาณการว่าประมาณ 300 ล้านคนทั่วโลกได้รับผลกระทบจากโรคหายากองค์การโรคหายากแห่งยุโรป (EURORDIS) ประมาณการว่าระหว่าง 3.5 ถึง 5.9% ของประชากรโลกได้รับผลกระทบจากหนึ่งในประมาณ ปัจจุบันพบโรคหายากที่แตกต่างกันถึง 6,000 โรคสหภาพยุโรปเสนอว่าระหว่าง 6 ถึง 8% ของประชากรยุโรปอาจได้รับผลกระทบจากโรคหายากในชีวิตของพวกเขาประมาณ 80% ของโรคหายากมีองค์ประกอบทางพันธุกรรม และมีเพียง 400 โรคเท่านั้นที่มีการรักษา โรคต่างๆ  ตามข้อมูลของ Rare Genomics Instituteโรคที่หายากอาจแตกต่างกันไปตามความชุกระหว่างประชากร ดังนั้นโรคที่หายากในบางประชากรอาจพบได้บ่อยในประชากรกลุ่มอื่น โดยเฉพาะอย่างยิ่งกับโรคทางพันธุกรรมและโรคติดเชื้อ ตัวอย่างคือ โรค ซิสติก ไฟโบรซิสซึ่งเป็นโรคทางพันธุกรรม: พบได้ยากในพื้นที่ส่วนใหญ่ของเอเชียแต่ค่อนข้างพบได้บ่อยในยุโรปและในประชากรเชื้อสายยุโรป ในชุมชนขนาดเล็กผลกระทบของผู้ก่อตั้งสามารถส่งผลให้เกิดโรคที่หายากมากทั่วโลกที่แพร่หลายในชุมชนขนาดเล็ก โรคติดเชื้อหลายชนิดแพร่หลายในพื้นที่ทางภูมิศาสตร์ที่กำหนด แต่พบได้ยากในที่อื่นๆ โรคอื่นๆ เช่นมะเร็ง หลายชนิดที่หายากไม่มีรูปแบบการกระจายที่ชัดเจน แต่พบได้น้อย การจำแนกประเภทของเงื่อนไขอื่น ๆ ขึ้นอยู่กับประชากรที่กำลังศึกษา: มะเร็งทุกรูปแบบในเด็กโดยทั่วไปถือว่าหายาเนื่องจากมีเด็กเพียงไม่กี่คนที่เป็นมะเร็ง แต่มะเร็งชนิดเดียวกันนี้ในผู้ใหญ่อาจพบได้บ่อยกว่า